De nombreux viticulteurs exercent leur activité à Lavigny.
Plusieurs exploitations agricoles sont implantées sur la commune.
Une fromagerie renommée (ou fruitière) est installée sur le territoire de Lavigny.
La maison d"enfants "Le Vieux Château" occupe les locaux d"un ancien domaine dénommé "Le Vieux Château", rue du quart d"Amont à Lavigny. Celui-ci a été acheté en 1973 par l"Œuvre des Pupilles de l’Enseignement Public du Jura qui en est l"association gestionnaire.
Le tourisme est présent, la route des vins du Jura traverse la commune et plusieurs structures d"hébergement proposent d"accueillir les visiteurs.